高效气相色谱仪受到高沸点物质的污染，特别是在进样口，色谱性能会变差。分析人员应进行仪器的日常维护，包括定期更换进样隔垫、清洗和老化进样口衬管等，必要时可将接进样口一端的毛细管柱截去一段。
毛细管柱是可靠并易于使用的，但为了保证良好的分离性能，需要注意下列操作：
一、毛细管柱和色谱炉壁接触，会影响色谱性能和柱寿命。
二、不使氧气进入到毛细管柱中。
三、只有在色谱炉冷却后才可更换进样隔垫。
四、再次加热色谱炉前，应先用载气冲洗毛细管柱15rnin。
五、应使用脱氧管除去载气中的痕量氧气，脱氧管应定期更换。
六、无论色谱炉是否在加热，都需要有载气流经毛细管柱。
高效气相色谱仪故障种类有气路部分故障、主机电路部分故障、检测器输出信号不正常和其它故障。
基础：
输入与输出：
通常仪器的每个部分、部件甚至零件都有它的输入和输出。
输入一般指该部分正常工作的前提，输出一般指该部分所起的作用或功能。
例如FID放大器。
它的输入是FID检测器通过信号线传送过来的微电流信号、放大器的工作电源、放大器的调零电位器，它的输出是经过放大并送到二次仪表的电信号。
判别FID放大器是否工作正常的方法：
1、如果输入正常而输出不正常，则放大器故障。
2、如果输入输出均正常，则放大器正常。
3、如果输入不正常，则放大器是否正常无法判定。
收集与积累：
积极收集、认真记录、不断积累仪器各个部分工作正常与否的各种判别方法，并了解、熟悉、掌握、牢记这些故障判别方法。
高效气相色谱仪分析的样品是在衬管内气化为气体，衬管是进样系统的中心元件。
一、衬管去活：
衬管内壁存在的活性基团会吸附样品组分，引起峰拖尾，降低灵敏度和重现性。去活是在衬管的玻璃表面上用去活剂覆盖或用去活剂与活性基团发生化学反应使其表面失去活性。在应用过程中去活的衬管也可能再现活性，这时应更换衬管。
衬管可用清洗方式进行处理，除去微粒或用溶剂冲洗挥发性组分。但找一个清洁处理方法是不容易的，有些溶剂可去掉活化层，但一些工具又会在玻璃衬管表面划出痕迹，导致不必要的活化。
二、衬管锥形口的作用：
1、底部不锥形的衬管是为了把样品聚集在柱上。
2、底部为锥形的衬管可减少样品与金属部件的接触。
3、顶部为锥形的衬管可减少样品的返冲。
三、玻璃棉的作用：
许多衬管用去活的玻璃棉填充在衬管的中间位置。
1、提供更多的表面积，使样品完全挥发，减少热量不均衡。
2、捕集隔垫碎片和不挥发组分。
3、擦去进样器针头上的样品，防止样品残留在隔垫上。
四、衬管使用不当，可能会出现下列现象：
1、峰形变坏。
2、溶质歧视。
3、分析重现性差。
4、样品分解。
5、出现鬼峰。
五、衬管与色谱柱的连接：
色谱柱应正确安装在进样口处，色谱柱入口端应插入衬管锥口一半的距离，即色谱柱穿过密封垫露出约6mm。
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